La Confraternita della Misericordia, realizzazione tardo barocca, venne progettata dell'architetto Marco Ludovico Guarini (1761) sul luogo di un antico oratorio della Compagnia della Misericordia o della Croce Nera, risalente al 1480. La chiesa è dedicata a San Giovanni Battista Decollato, dal momento che i confratelli erano dediti all'assistenza dei carcerati e dei condannati a morte. La confraternita prese il nome di “croce (o crociata) nera” perché i suoi aggregati, in occasione di processioni e funerali, indossavano una camice di tela nera.
La facciata è in cotto, con doppio ordine di colonne; insieme al sagrato sopraelevato costituisce una quinta architettonica di suggestivo effetto.
L'interno, molto raccolto, si fregia di un soffitto dipinto nel 1863 a prospettive archittoniche da Gian Domenico Rossi, allievo del Bibbiena. Il campanile fu eretto nell’estate del 1785.
La Chiesa è stata recentemente restaurata a cura dell'Associazione "Collegium Artium" e viene aperta in occasione di particolari manifestazioni, concerti, convegni.